O Centro de Ensino São José teve início em 1978, quando Dona Ditinha, avó da atual mantenedora, transformou o seu amor por crianças em uma escolinha chamada Centro Recreativo Larzinho São José.
Em 1995, Marli Aparecida Pellegrini, uma das filhas da fundadora, seu marido João Marcos Pellegrini e suas filhas assumiram a propriedade e a direção da escola unindo aos pressupostos existentes de amor, carinho e cuidado integral pelas crianças, uma arrojada proposta pedagógica que resultou em excelentes resultados acadêmicos.
Em 1997, atendendo à procura dos pais, nasceu o Ensino Fundamental I (1ª à 4ª série – hoje 2° ao 5° ano). Em 2000, iniciou-se os trabalhos com o Ensino Fundamental II (5ª a 8ª série – hoje 6° ao 9° ano). E finalmente em 2001, a Escola foi credenciada e habilitada para atender o Ensino Médio.

Para comemorar os 35 anos de existência, 2013 foi um ano marcado por mudanças qualitativas e estruturais que beneficiaram pais e alunos, potencializando a parceria entre escola e família, trazendo um layout moderno e demonstrando os excelentes resultados da proposta pedagógica (interacionista de alto desempenho). Em 2018, haverá uma grande festa para comemorar 40 anos de história.
O Centro de Ensino São José nasceu e cresceu com a comunidade do bairro do Jardim Bonfiglioli, na Zona Oeste de São Paulo. Permaneceu crescendo e evoluindo sem perder o foco de sua missão: assegurar que a prática educativa ocorra com ética, solidez e qualidade.